LogiStation peut fonctionner de façon autonome ou bien être relié à la base de données de LogiMer. Dans ce cas, les informations issues de LogiStation sont alors intégrées en temps réel dans LogiMer. 

Pour une meilleure facilité d'utilisation, toutes les fonctions communes avec LogiMer (Gestion des banques, Gestion de la TVA, Gestion des règlements, ...) utilisent exactement les mêmes fenêtres de saisie.

LogiStation permet de gérer les facilement les plaisanciers, les professionnels en compte, les articles taxés ainsi que tous les produits détaxés.

Pour qu'un logiciel soit performant, il faut qu'il soit simple d'utilisation; c'est pourquoi LogiStation regroupe les fonctionnalités dans différents onglets à partir d'un menu principal:

Le menu Accueil permet un lien direct sur les fonctions les plus couramment  utilisées. Chaque bouton sera à nouveau présent dans son onglet spécifique.

Le menu Structure permet de définir toutes les informations de base comme les articles, mais aussi les cuves, les volucompteurs, ... Il s'agit généralement de fichiers qui sont amenés à être rarement modifiés.

Le menu Traitements regroupe les fonctionnalités de 'front office', c'est à dire la gestion des clients, de la distribution, de la facturation et des règlements mais aussi la gestion des fournisseurs, le suivi des commandes et les règlements.

Le menu Exploitation regroupe les fonctionnalités de 'back office' telles que les analyses, les tableaux de bord, les journaux, les remises et la génération des écritures comptables, ...

Le menu Maintenance permet de configurer les paramètres afin de personnaliser LogiStation en fonction des besoins de chacun.

Un autre menu de LogiStation, sans onglet et aux fonctionnalités réduites est spécialement dédié aux agents portuaires. Dans ce cas, la saisie sera obligatoirement précédée par une fenêtre d'ouverture de poste et suivi d'une fenêtre de fermeture de poste.